В самой Германии у него тоже были известные учителя: аббат Тритгеймский, друг Агриппы, и маг и алхимик Фуггер. В силу своего вспыльчивого характера он нажил множество врагов и недоброжелателей, поэтому вынуж¬ден был оставить профессорскую кафедру в Базельском университете и долгое время скитался.

В 1541 году Парацельс трагически погиб от рук наемного убийцы. На его могиле было написано: «Здесь похоронен Филипп Теофраст, знаменитый Доктор Медицины, который лечил раны, проказу, подагру, водянку и другие неизлечимые болезни тела, обладал магическим знанием и раздавал Добро бедным. В год 1541 на 24 день сентября он сменил Жизнь на Смерть, на Вечный Покой».

В центре учения Парацельса — понятие природы как живого целого, проникнутого единой мировой душой. 
Параллелизм микрокосма (человека) и макрокосма (Вселенной), по мнению Парацельса, дает человеку возможность магически воздействовать на природу с помо¬щью тайных средств. Познание человеком неизвестных свойств своей души — главный путь к постижению природы и овладению ее силами. Воображение, в отличие от фантазии, это магическое созидание образа как реального тела нашей мысли, которая является практически-волевым устремлением души.

Основными элементами, составляющими космическое тело, Парацельс считал землю, воду, воздух и небо. Кроме того, он признавал еще три начала: ртуть, серу и соль, причем не как чувственно воспринимаемые вещества, а как особый способ действия тел.

Так как вся природа населена духами и демонами, за¬дача магии и медицины — восстанавливать нарушенный вторжением чужого духа порядок. Если в практической медицине Парацельс придерживался принципа о том, что «подобное лечится подобным», то и свои талисманы, амулеты и пентакли он составлял по тому же принципу, который заключался в соответствии знаков Зодиака и планет частям человеческого тела.